Para criar um projeto no Quartus Verilog, uma das formas é a seguinte:

Criar um novo file .v (verilog)
File - >New -> Verilog HDL




Após desenvolver seu projeto no Verilog


Salve ele e deixe marcado a opcao Crete New Project



Responda SIM, e coloque next> next > etc(next) > finish



E seu projeto estára pronto para ser usado =)